聖徳太子が物部守屋との戦に臨み、信貴山で感得した毘沙門天王を祀ったことに始まるとされています。「朝護孫子寺」の名は、中興の祖である命蓮上人が毘沙門天王の霊験により、醍醐天皇の病気を治して賜ったものであるといいます。
聖徳太子が毘沙門天王を感得したのが寅の年、寅の日、寅の刻であったという伝承から、信貴山の毘沙門天王は寅にゆかりのある神として信仰されています。
また、寺宝の紙本著色信貴山縁起絵巻三巻（国宝）は、命蓮の霊験を描いた平安時代成立の絵巻として知られています。